質(zhì)粒圖譜怎么畫(質(zhì)粒圖譜)-環(huán)球看點(diǎn)
2022-11-19 08:51:52 來源:關(guān)注網(wǎng)
1、1.第一步,看箭頭:大多數(shù)質(zhì)粒都會有箭頭,箭頭有兩種解釋。
2、一種是轉(zhuǎn)錄方向,轉(zhuǎn)錄方向主要是由啟動子開始的一個(gè)大箭頭,是啟動子啟動序列的順序。
(資料圖片)
3、另一種是復(fù)制起始位點(diǎn)的方向,復(fù)制起始位點(diǎn)就是該質(zhì)粒在大腸桿菌等細(xì)菌或真菌中DNA復(fù)制的一個(gè)方向。
4、還需要提到的是F1啟動子(圖上的f1 ori)代表的是噬菌體的復(fù)制起始方向,只能復(fù)制出單鏈的DNA哦,但是可以用來測序。
5、看懂轉(zhuǎn)錄的方向,這樣就方便設(shè)計(jì)插入片段的位置和方向性。
6、2.第二步,看上面的標(biāo)簽。
7、報(bào)告基因:通常會有一兩個(gè)蛋白,被用作報(bào)告基因,比如常見的copGFP(綠色熒光蛋白),Puro(嘌呤霉素),Lacz(乳糖操縱子)等等。
8、和抗性基因不同,這樣的報(bào)告基因,并不是為了在大腸桿菌擴(kuò)增質(zhì)粒的過程中起作用的。
9、而是在質(zhì)粒轉(zhuǎn)入表達(dá)體系后起到作用的,基本上就是為了顯示過表達(dá)或是敲減的基因是否正常運(yùn)作。
10、有的報(bào)告基因會融合在蛋白中表達(dá),有的會另外用一個(gè)獨(dú)立的啟動子進(jìn)行表達(dá)(比如shRNA的質(zhì)粒中)。
11、3.第三步,看多克隆位點(diǎn):MCS(Multiple Cloning Site,也就是多克隆位點(diǎn)),一般圖中會把多克隆位點(diǎn)上的酶切位點(diǎn)都標(biāo)記出來。
12、上面的酶切位點(diǎn)順序,一般都是按照5`-3`的順序排列下來的,需要注意的是這樣幾點(diǎn)。
13、第一點(diǎn)是要注意,酶切位點(diǎn)邊標(biāo)注了*的一般是指并不僅僅存在一個(gè)位點(diǎn),也就不能用來作為構(gòu)建質(zhì)粒的酶切位點(diǎn)。
14、第二點(diǎn)需要注意的是,有的酶切位點(diǎn),在序列中只有一個(gè),但它上面也會標(biāo)注一個(gè)*或者(dam),這說明可能這個(gè)酶切位點(diǎn)會有CpG島的甲基化修飾[常見的是XbaI,TCTAG(6m)A中的TC無法切開],一般也是不能用的。
15、但是非要用這個(gè)酶切位點(diǎn)的話,就需要用非甲基化的感受態(tài)細(xì)胞,如JM109或者JM110。
16、4.第四步,看多克隆位點(diǎn)的序列:末端如果有差異的話,可以把基因的ATG(甲硫氨酸)的5`末端替換1-2個(gè)堿基(變成GTG或者GCG這樣),從第二個(gè)氨基酸序列開始完全一致即可。
17、而配合擴(kuò)增和酶切的話,插入片段是允許有3`末端的冗余。
18、為了可以應(yīng)付3`末端的冗余堿基,在多克隆位點(diǎn)序列后,會有譯碼的終止TAA密碼,即使插入的片段使得3`末端產(chǎn)生了移碼突變,照樣能使表達(dá)的蛋白正常終止掉(在酵母雙雜的AD質(zhì)粒中,由于插入的是隨機(jī)cDNA,所以AD的載體上會常見這樣的結(jié)構(gòu))。
19、擴(kuò)展資料分類1.根據(jù)質(zhì)粒能否通過細(xì)菌的接合作用,可分為接合性質(zhì)粒和非接合性質(zhì)粒。
20、接合性質(zhì)粒帶有與接合傳遞有關(guān)的基因。
21、非接合質(zhì)粒在一定條件下通過與其共存的接合質(zhì)粒的誘動或轉(zhuǎn)導(dǎo)而傳遞。
22、2.根據(jù)質(zhì)粒在細(xì)菌內(nèi)的復(fù)制類型可分為兩類:嚴(yán)緊控制型和松弛控制型。
23、嚴(yán)緊控制復(fù)制型質(zhì)粒的復(fù)制酶系與染色體DNA復(fù)制共用,只能在細(xì)胞周期的一定階段進(jìn)行復(fù)制,當(dāng)細(xì)胞染色體停止復(fù)制時(shí),質(zhì)粒也就不再復(fù)制。
24、松弛控制復(fù)制型的質(zhì)粒的復(fù)制酶系不受染色體DNA復(fù)制酶系的影響,在整個(gè)細(xì)胞生長周期中隨時(shí)都可以復(fù)制,在染色體復(fù)制已經(jīng)停止時(shí)質(zhì)粒仍能繼續(xù)復(fù)制。
25、3.根據(jù)質(zhì)粒的不相容性,可分為不相容性和相容性。
26、不相容性指結(jié)構(gòu)相似、密切相關(guān)的質(zhì)粒不能穩(wěn)定地共存于同一宿主細(xì)菌內(nèi)的現(xiàn)象,反之為相容性。
27、常用于流行病學(xué)的調(diào)查。
28、參考資料:百度百科-質(zhì)粒第一步:首先看Ori的位置,了解質(zhì)粒的類型(原核/真核/穿梭質(zhì)粒)Ori的箭頭指復(fù)制方向,其他元件標(biāo)注的箭頭多指轉(zhuǎn)錄方向(正向)。
29、第二步:再看篩選標(biāo)記,如抗性,決定使用什么篩選標(biāo)記:(1)Ampr:水解β-內(nèi)酰胺環(huán),解除氨芐的毒性。
30、(2)tetr :可以阻止四環(huán)素進(jìn)入細(xì)胞。
31、(3)camr:生成氯霉素羥乙?;苌?,使之失去毒性。
32、(4)neor(kanr):氨基糖苷磷酸轉(zhuǎn)移酶,使G418(卡那霉素衍生物)失活。
33、(5)hygr:使潮霉素β失活。
34、第三步:看多克隆位點(diǎn)(MCS)。
35、它具有多個(gè)限制酶的單一切點(diǎn),便于外源基因的插入。
36、如果在這些位點(diǎn)外有外源基因的插入,會導(dǎo)致某種標(biāo)志基因的失活,而便于篩選。
37、決定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
38、第四步:再看外源DNA插入片段大小。
39、質(zhì)粒一般只能容納小于10Kb的外源DNA片段。
40、一般來說,外源DNA片段越長,越難插入,越不穩(wěn)定,轉(zhuǎn)化效率越低。
41、第五步:是否含有表達(dá)系統(tǒng)元件,即啟動子-核糖體結(jié)合位點(diǎn)-克隆位點(diǎn)-轉(zhuǎn)錄終止信號。
42、這是用來區(qū)別克隆載體與表達(dá)載體。
43、克隆載體中加入一些與表達(dá)調(diào)控有關(guān)的元件即成為表達(dá)載體。
44、選用那種載體,還是要以實(shí)驗(yàn)?zāi)康臑闇?zhǔn)繩。
45、擴(kuò)展資料:啟動子-核糖體結(jié)合位點(diǎn)-克隆位點(diǎn)-轉(zhuǎn)錄終止信號啟動子-促進(jìn)DNA轉(zhuǎn)錄的DNA順序,這個(gè)DNA區(qū)域常在基因或操縱子編碼順序的上游,是DNA分子上可以與RNApol特異性結(jié)合并使之開始轉(zhuǎn)錄的部位,但啟動子本身不被轉(zhuǎn)錄。
46、增強(qiáng)子/沉默子-為真核l基因組(包括真核病毒基因組)中的一種具有增強(qiáng)鄰近基因轉(zhuǎn)錄過程的調(diào)控順序。
47、其作用與增強(qiáng)子所在的位置或方向無關(guān)。
48、即在所調(diào)控基因上游或下游均可發(fā)揮作用。
49、沉默子-負(fù)增強(qiáng)子,負(fù)調(diào)控序列。
50、核糖體結(jié)合位點(diǎn)/起始密碼/SD序列(Rbs/AGU/SDs):mRNA有核糖體的兩個(gè)結(jié)合位點(diǎn),對于原核而言是AUG(起始密碼)和SD序列。
51、轉(zhuǎn)錄終止順序(終止子)/翻譯終止密碼子:結(jié)構(gòu)基因的最后一個(gè)外顯子中有一個(gè)AATAAA的保守序列,此位點(diǎn)down-stream有一段GT或T富豐區(qū),這2部分共同構(gòu)成poly(A)加尾信號。
52、結(jié)構(gòu)基因的最后一個(gè)外顯子中有一個(gè)AATAAA的保守序列,此位點(diǎn)down-stream有一段GT或T富豐區(qū),這2部分共同構(gòu)成poly(A)加尾信號。
53、參考資料來源:百度百科-質(zhì)粒一、一個(gè)合格質(zhì)粒的組成要素 復(fù)制起始位點(diǎn)Ori,即控制復(fù)制起始的位點(diǎn)。
54、原核生物DNA 分子中只有一個(gè)復(fù)制起始點(diǎn)。
55、而真核生物DNA 分子有多個(gè)復(fù)制起始位點(diǎn)。
56、 抗生素抗性基因:可以便于加以檢測,如Amp+ ,Kan+ 多l(xiāng) 克隆位點(diǎn):MCS 克隆攜帶外源基因片段 P/E:啟動子/增強(qiáng)子 Terms:終止信號 加poly(A)信號:可以起到穩(wěn)定mRNA 作用 二、如何閱讀質(zhì)粒圖譜 第一步:首先看Ori 的位置,了解質(zhì)粒的類型(原核/真核/穿梭質(zhì)粒) Ori 的箭頭指復(fù)制方向,其他元件標(biāo)注的箭頭多指轉(zhuǎn)錄方向(正向)。
57、 第二步:再看篩選標(biāo)記,如抗性,決定使用什么篩選標(biāo)記: (1)Ampr:水解β -內(nèi)酰胺環(huán),解除氨芐的毒性。
58、 (2)tetr :可以阻止四環(huán)素進(jìn)入細(xì)胞。
59、 (3)camr:生成氯霉素羥乙?;苌?,使之失去毒性。
60、 (4)neor(kanr):氨基糖苷磷酸轉(zhuǎn)移酶,使G418(卡那霉素衍生物)失活。
61、 (5)hygr:使潮霉素β 失活。
62、 第三步:看多克隆位點(diǎn)(MCS)。
63、它具有多個(gè)限制酶的單一切點(diǎn),便于外源基因的插入。
64、如果在這些位點(diǎn)外有外源基因的插入,會導(dǎo)致某種標(biāo)志基因的失活,而便于篩選。
65、決定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
66、 第四步:再看外源 DNA 插入片段大小。
67、質(zhì)粒一般只能容納小于10Kb 的外源DNA 片段。
68、一般來說,外源DNA 片段越長,越難插入,越不穩(wěn)定,轉(zhuǎn)化效率越低。
69、 第五步:是否含有表達(dá)系統(tǒng)元件,即啟動子-核糖體結(jié)合位點(diǎn)-克隆位點(diǎn)-轉(zhuǎn)錄終止信號。
70、這是用來區(qū)別克隆載體與表達(dá)載體。
71、克隆載體中加入一些與表達(dá)調(diào)控有關(guān)的元件即成為表達(dá)載體。
72、選用那種載體,還是要以實(shí)驗(yàn)?zāi)康臑闇?zhǔn)繩。
73、 相關(guān)概念: 啟動子-核糖體結(jié)合位點(diǎn)-克隆位點(diǎn)-轉(zhuǎn)錄終止信號 啟動子-促進(jìn)DNA 轉(zhuǎn)錄的DNA 順序,這個(gè)DNA 區(qū)域常在基因或操縱子編碼順序的上游,是DNA 分子上可以與RNApol 特異性結(jié)合并使之開始轉(zhuǎn)錄的部位,但啟動子本身不被轉(zhuǎn)錄。
74、 增強(qiáng)子/沉默子-為真核 l 基因組(包括真核病毒基因組)中的一種具有增強(qiáng)鄰近基因轉(zhuǎn)錄過程的調(diào)控順序。
75、其作用與增強(qiáng)子所在的位置或方向無關(guān)。
76、即在所調(diào)控基因上游或下游均可發(fā)揮作用。
77、沉默子-負(fù)增強(qiáng)子,負(fù)調(diào)控序列。
78、 核糖體結(jié)合位點(diǎn)/起始密碼/SD 序列(Rbs/AGU/SDs):mRNA 有核糖體的兩個(gè)結(jié)合位點(diǎn),對于原核而言是AUG(起始密碼)和SD 序列。
79、 l 轉(zhuǎn)錄終止順序(終止子)/翻譯終止密碼子:結(jié)構(gòu)基因的最后一個(gè)外顯子中有一個(gè) AATAAA 的保守序列,此位點(diǎn) down-stream 有一段 GT 或 T 富豐區(qū),這2部分共同構(gòu)成 poly (A)加尾信號。
80、結(jié)構(gòu)基因的最后一個(gè)外顯子中有一個(gè) AATAAA 的保守序列,此位點(diǎn) down- stream 有一段GT 或T 富豐區(qū),這2部分共同構(gòu)成poly(A)加尾信號。
81、 三、載體及其分類 載體:即要把一個(gè)有用的基因(目的基因——研究或應(yīng)用基因)通過基因工程手段送到生物細(xì)胞(受體細(xì)胞),需要運(yùn)載工具(交通工具)攜帶外源基因進(jìn)入受體細(xì)胞,這種運(yùn)載工具就叫做載體(vector)。
82、 P.S.基因工程所用的vector 實(shí)際上是DNA 分子,是用來攜帶目的基因片段進(jìn)入受體細(xì)胞的DNA。
83、 載體的分類 按功能分成:(1)克隆載體:都有一個(gè)松弛的復(fù)制子,能帶動外源基因,在宿主細(xì)胞中復(fù)制擴(kuò)增。
84、它是用來克隆和擴(kuò)增DNA 片段(基因)的載體。
85、(所以有時(shí)實(shí)驗(yàn)時(shí)擴(kuò)增效率低下,要注意是不是使用的嚴(yán)謹(jǐn)型載體)(2)表達(dá)載體:具有克隆載體的基本元件(ori,Ampr,Mcs 等)還具有轉(zhuǎn)錄/翻譯所必需的DNA 順序的載體。
86、 按進(jìn)入受體細(xì)胞類型分:(1)原核載體(2)真核載體(3)穿梭載體(sbuttle vector)指在兩種宿主生物體內(nèi)復(fù)制的載體分子,因而可以運(yùn)載目的基因(穿梭往返兩種生物之間)。
87、 P.S. 穿梭質(zhì)粒含原核和真核生物2個(gè)復(fù)制子,以確保兩類細(xì)胞中都能擴(kuò)增。
88、 基因工程載體的3個(gè)特點(diǎn): (一)都能獨(dú)立自主的復(fù)制:載體DNA 分子中有一段不影響它們擴(kuò)增的非必需區(qū)域,如 MCS,插在其中的外源DNA 片段,能被動的跟著載體一起復(fù)制/擴(kuò)增,就像載體的正常成分一樣。
89、 (二)都能便利的加以檢測: 如載體的藥物抗性基因,多是抗生素抗性基因,將受體細(xì)胞放在含有該抗生素培養(yǎng)板上培養(yǎng)生長時(shí),只有攜帶這些抗性基因的載體分子的受體細(xì)胞才能存活。
90、 (三)都能容易進(jìn)入宿主細(xì)胞中去,也易從宿主細(xì)胞中分離純化出來。
91、 四、載體的選擇和制備 選擇載體主要依據(jù)構(gòu)建的目的,同時(shí)要考慮載體中應(yīng)有合適的限制酶切位點(diǎn)。
92、如果構(gòu)建的目的是要表達(dá)一個(gè)特定的基因,則要選擇合適的表達(dá)載體。
93、 載體選擇主要考慮下述3點(diǎn): 構(gòu)建DNA 重組體的目的,克隆擴(kuò)增/表達(dá)表達(dá),選擇合適的克隆載體/表達(dá)載體。
94、 2、載體的類型: (1)克隆載體的克隆能力-據(jù)克隆片段大小(大選大,小選小)。
95、如小于10kb 選質(zhì)粒。
96、 (2)表達(dá)載體據(jù)受體細(xì)胞類型-原核/真核/穿梭,E.coli/哺乳類細(xì)胞表達(dá)載體。
97、 (3)對原核表達(dá)載體應(yīng)該注意3點(diǎn): ①選擇合適的啟動子及相應(yīng)的受體菌; ②用于表達(dá)真核蛋白質(zhì)時(shí)注意克服4個(gè)困難和閱讀框錯位; ③表達(dá)天然蛋白質(zhì)或融合蛋白作為相應(yīng)載體的參考。
98、 3、載體 MCS 中的酶切位點(diǎn)數(shù)與組成方向因載體不同而異,適應(yīng)目的基因與載體易于鏈接,不產(chǎn)生閱讀框架錯位。
99、選用質(zhì)粒(最常用)做載體的4點(diǎn)要求: ①選分子量小的質(zhì)粒,即小載體(1-1.5kb)→不易損壞,在細(xì)菌里面拷貝數(shù)也多(也有大載體); ②一般使用松弛型質(zhì)粒在細(xì)菌里擴(kuò)增不受約束,一般10個(gè)以上的拷貝,而嚴(yán)謹(jǐn)型質(zhì)粒小于10個(gè)。
100、 ③必需具備一個(gè)以上的酶切位點(diǎn),有選擇的余地; ④必需有易檢測的標(biāo)記,多是抗生素的抗性基因,不特指多位Ampr(試一試)。
101、 無論選用哪種載體,首先都要獲得載體分子,然后采用適當(dāng)?shù)南拗泼笇⑤d體DNA 進(jìn)行切 割,獲得分子,以便于與目的基因片段進(jìn)行連接。
102、 二、pET32a(+)自身載體表達(dá)的片段大小 The expected fusion protein expressed encoded by just the pET-32a(+) vector alone would be around 20.4 kDa. The Trx-tag by itself would contribute 12kDa. The rest is due to the two His-tags (0.8kDa each) and the S-tag (1.7kDa). The remaining 5.1kDa is due to the intervening(?) 54 amino acids between the tags and until the stop codon. 三、pET32系列載體的載體序列地址 四、pET 系列載體閱讀方法 ori 是復(fù)制起始點(diǎn),細(xì)的黑箭頭是幾個(gè)不同的轉(zhuǎn)錄區(qū),其箭頭方向不同,說明每個(gè)表達(dá)產(chǎn)物(如kan 抗性基因、LacI 等)都有獨(dú)立的promoter,有時(shí)與T7 promoter 方向相反。
103、粗的黑箭頭是MCS,用于目的基因的插入,箭頭方向表明目的基因的轉(zhuǎn)錄方向,它的轉(zhuǎn)錄方向可以與其它幾個(gè)不同的轉(zhuǎn)錄區(qū)相同,也可以不同,如 Kan 抗性基因、LacI 的方向是一樣的,可能與調(diào)控相關(guān),不同的載體是不一樣的。
104、一個(gè)載體可只看它的啟動子到終止子那一段,其它的可以考慮少些。
105、 五、pET 表達(dá)菌株的相關(guān)信息 ( DE3 )指宿主為 λ DE3 溶原菌,其染色體上帶有一拷貝由 lacUV5 啟動子控制的 T7 RNA 聚合酶基因。
106、這類菌株適用于從克隆到 pET 載體的目標(biāo)基因生產(chǎn)蛋白。
107、命名為 pLysS 和 pLysE 的宿主菌帶有編碼 T7 溶菌酶(為 T7 RNA 聚合酶的天然抑制物)的 pET 相容性質(zhì)粒。
108、帶有 pLysS 的細(xì)胞產(chǎn)生少量溶菌酶,而 pLysE 宿主菌產(chǎn)生更大量酶。
109、這些菌株用于在誘導(dǎo)前抑制 T7 RNA 聚合酶的基礎(chǔ)表達(dá),這樣可以穩(wěn)定編碼影響細(xì)胞生長和活力的目標(biāo)蛋白的 pET 重組體。
110、帶有 pLacI 的宿主菌產(chǎn)生額外的抑制 pETBlue 和 pTriEx 載體基礎(chǔ)表達(dá)的 lac 阻遏蛋白。
111、 λ DE3 溶原化試劑盒用于制備其它遺傳背景的新表達(dá)宿主菌。
112、 AD494 菌株為硫氧還蛋白還原酶 ( trxB ) 突變菌株,能夠在胞漿內(nèi)形成二硫鍵,提供了生產(chǎn)正確折迭的活性蛋白的潛力。
113、 TrxB 突變可用卡那霉素選擇,因此該菌株建議用于帶氨芐抗性標(biāo)記 bla 的質(zhì)粒。
114、 B834 為 BL21 的親本菌株。
115、這些蛋白酶缺陷宿主菌為甲硫氨酸營養(yǎng)缺陷型,可用 35 S- 甲硫氨酸和硒代甲硫氨酸對目標(biāo)蛋白進(jìn)行高特異活性標(biāo)記,從而用于結(jié)晶學(xué)研究。
116、 BL21 應(yīng)用最廣的宿主菌來源,具有 lon 和 ompT 蛋白酶缺陷的優(yōu)點(diǎn)。
117、 BL21 TrxB 菌株在蛋白酶缺陷 BL21 背景上具有與 AD494 菌株相同的硫氧還蛋白還原酶突變 ( trxB ) 。
118、由于 trxB 宿主有利于胞漿內(nèi)二硫鍵形成,它們的使用可增加正確折迭的蛋白組分。
119、 TrxB 突變可用卡那霉素選擇,因此該菌株建議用于帶氨芐抗性標(biāo)記 bla 的質(zhì)粒。
120、 BLR 為 BL21 的 recA - 衍生菌株,能夠改善質(zhì)粒單體產(chǎn)量,有助于穩(wěn)定含有重復(fù)序列或其產(chǎn)物能夠引起 DE3 噬菌體丟失的目標(biāo)質(zhì)粒。
121、 HMS174 菌株在 K-12 背景上提供了 recA 突變。
122、與 BLR 一樣,這些菌株能夠穩(wěn)定其產(chǎn)物能夠引起 DE3 噬菌體丟失的某些目標(biāo)基因。
123、 NovaBlue 適合 用作初始克隆宿主菌的 K-12 菌株,具有高轉(zhuǎn)化效率、藍(lán) / 白斑篩選能力(與合適質(zhì)粒)和導(dǎo)致優(yōu)質(zhì)質(zhì)粒 DNA 高產(chǎn)的 recA endA 突變。
124、由于存在 F 附加體編碼的 lacI q 阻遏蛋白, NovaBlue 的 DE3 溶原菌是一個(gè)非常有用的嚴(yán)緊型宿主菌。
125、 Origami 為 K-12 衍生的宿主菌,硫氧還蛋白還原酶突變 ( trxB ) 和谷胱甘肽還原酶 ( gor ) 基因均為突變,能夠大大增強(qiáng)胞漿內(nèi)二硫鍵的形成。
126、研究表明即使總體表達(dá)水平相似, Origami ( DE3 )表達(dá)的活性蛋白比其它宿主菌高 10 倍以上。
127、 Origami 宿主菌與氨芐抗性質(zhì)粒相容,可用于 pET-32 載體,硫氧還蛋白標(biāo)簽?zāi)軌蜻M(jìn)一步增強(qiáng)在胞漿內(nèi)形成二硫鍵。
128、 TrxB 和 gor 突變可分別用卡那霉素和四環(huán)素選擇,因此該菌株建議用于帶氨芐抗性標(biāo)記 bla 的 pET 質(zhì)粒。
129、 Origami B 宿主菌來源于 BL21 lacZY 突變株,還帶有與原始 Origami 菌株相同的 TrxB / gor 突變。
130、 Origami B 菌株集 BL21 、 Tuner 和 Origami 宿主菌的優(yōu)點(diǎn)于一體。
131、 TrxB 和 gor 突變可分別用卡那霉素和四環(huán)素選擇,因此該菌株建議用于帶氨芐抗性標(biāo)記 bla 的 pET 質(zhì)粒。
132、 Rosetta 宿主菌從 BL21 衍生而來,可增強(qiáng)帶有大腸桿菌稀有密碼子的真核蛋白的表達(dá)。
133、該菌株通過一個(gè)相容性氯霉素抗性質(zhì)粒補(bǔ)充密碼子 AUA 、 AGG 、 AGA 、 CUA 、 CCC 和 GGA 的 tRNAs 。
134、這樣 Rosetta 菌株提供了“萬能”的翻譯,從而避免因大腸桿菌密碼子使用頻率導(dǎo)致的表達(dá)限制。
135、 tRNA 基因由它們的天然啟動子驅(qū)動。
136、在 Rosetta ( DE3 ) pLysS 和 Rosetta ( DE3 ) pLacI 中,稀有 tRNA 基因存在于分別帶有 T7 溶菌酶和 lac 阻遏基因的同一質(zhì)粒上。
137、 Tuner 菌株為 BL21 的 lacZY 缺失突變株,能夠調(diào)整培養(yǎng)物中所有細(xì)胞的蛋白表達(dá)水平。
138、 lac 通透酶( lacY )突變使得 IPTG 均勻進(jìn)入群體所有細(xì)胞,從而具有濃度依賴、水平均一的誘導(dǎo)表達(dá)。
139、通過調(diào)整 IPTG 濃度,表達(dá)可從極低水平調(diào)節(jié)到極強(qiáng)、完全誘導(dǎo)的表達(dá)水平(通常與 pET 載體相關(guān))。
140、低水平表達(dá)有時(shí)可能增強(qiáng)難表達(dá)蛋白的溶解性和活性。
141、 Tuner ( DE3 ) pLacI 菌株與 pETBlue 和 pTriEx 載體的表達(dá)相容。
142、方法一:使用Vector NT 軟件做分子實(shí)驗(yàn),經(jīng)常和不同的質(zhì)粒打交道,了解各種質(zhì)粒的圖譜信息是必需的,invitrogen公司的這款軟件絕對是分子生物學(xué)蟲子們的福音,要想對質(zhì)粒圖譜了解更直觀,安裝這款軟件是非常必要的。
143、這款軟件的軟件包里面會包括invitrogen公司的所有質(zhì)粒圖譜信息和其他比較常見和經(jīng)典的質(zhì)粒圖譜。
144、方法二:查找質(zhì)粒圖譜的網(wǎng)站Vector Database(addgene)這個(gè)網(wǎng)站很頁面很人性化,以前叫做lablife,現(xiàn)在網(wǎng)站做了整合,比如查找pRS類質(zhì)粒圖譜(注意,是一類質(zhì)粒圖譜,沒關(guān)系,照樣能找到),直接在搜索框輸入pRS,可以看到,之類質(zhì)粒一共有三十多個(gè)。
145、找到自己需要的質(zhì)粒名稱,點(diǎn)擊進(jìn)入,就可以看到質(zhì)粒圖譜了。
146、如何閱讀質(zhì)粒圖譜第一步:首先看Ori的位置,了解質(zhì)粒的類型(原核/真核/穿梭質(zhì)粒)第二步:再看篩選標(biāo)記,如抗性,決定使用什么篩選標(biāo)記。
147、(1)Ampr 水解β-內(nèi)酰胺環(huán),解除氨芐的毒性。
148、(2)tetr 可以阻止四環(huán)素進(jìn)入細(xì)胞。
149、(3)camr 生成氯霉素羥乙酰基衍生物,使之失去毒性。
150、(4)neor(kanr) 氨基糖苷磷酸轉(zhuǎn)移酶 使G418(長那霉素衍生物)失活(5)hygr 使潮霉素β失活。
151、第三步:看多克隆位點(diǎn)(MCS)。
152、它具有多個(gè)限制酶的單一切點(diǎn)。
153、便于外源基因的插入。
154、如果在這些位點(diǎn)外有外源基因的插入,會導(dǎo)致某種標(biāo)志基因的失活,而便于篩選。
155、決定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
156、第四步:再看外源DNA插入片段大小。
157、質(zhì)粒一般只能容納小于10Kb的外源DNA片段。
158、一般來說,外源DNA片段越長,越難插入,越不穩(wěn)定,轉(zhuǎn)化效率越低。
159、第五步:是否含有表達(dá)系統(tǒng)元件,即啟動子-核糖體結(jié)合位點(diǎn)-克隆位點(diǎn)-轉(zhuǎn)錄終止信號。
160、這是用來區(qū)別克隆載體與表達(dá)載體。
161、克隆載體中加入一些與表達(dá)調(diào)控有關(guān)的元件即成為表達(dá)載體。
162、選用那種載體,還是要以實(shí)驗(yàn)?zāi)康臑闇?zhǔn)繩。
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關(guān)鍵詞: 表達(dá)載體 克隆載體 酶切位點(diǎn)
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